Evènements

1er Symposium MIGGS, 23/09/2024, Lille

Appel à Communications (terminé)

Symposium : Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences (MIGGS) - Lille - 23 septembre 2024

Dans un contexte marqué par une augmentation exponentielle des données génomiques mais aussi par des avancées majeures matière d'assemblage de génomes, le symposium MIGGS se propose d'explorer les avancées récentes et les défis méthodologiques associés à la pangénomique, à la visualisation de graphes et à l'utilisation biologique des graphes de pangénomes. Cette rencontre interdisciplinaire vise à rassembler chercheurs, développeurs et utilisateurs autour de la pangénomique pour favoriser les échanges sur les innovations dans le domaine, les approches de visualisation de ces données et les applications biologiques des graphes de pangénomes.

Nous invitons les contributrices et contributeurs à soumettre des résumés portant sur les sujets suivants (mais non limités à) :

  • Méthodologies et outils de visualisation des graphes de pangénomes
  • Approches d'annotation et d'interaction avec les données pangénomiques
  • Applications biologiques et médicales des graphes de pangénomes
  • Solutions algorithmiques et logicielles en pangénomique
  • Avancées récentes en pangénomique procaryote et eucaryote

Les soumissions sont attendues sous forme de résumés (300 mots maximum) pour des communications orales et des posters. Nous encourageons la soumission de travaux en cours par des étudiants.

Les stagiaires et doctorant.e.s sont encouragé.e.s à participer à cet appel à communication.

Date limite de soumission : 19/07/2024

Les propositions (1 page maximum, forme libre) doivent être envoyées via EasyChair, incluant le titre de la présentation, les noms des auteurs, leurs affiliations et un résumé à ce lien : https://easychair.org/conferences/?conf=miggs1.

Appel à Participation

Le symposium Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences (MIGGS) accueille les participants de divers horizons intéressés par les dernières avancées en pangénomique et les défis associés à la gestion, à l'analyse et à la visualisation des données génomiques massives. Cet événement représente une opportunité d'interaction entre chercheurs, développeurs et utilisateurs, avec un programme incluant des exposés invités et des présentations sélectionnées sur abstract. L’atelier conviera des experts en méthodologies (structures de données, graphes, visualisation/IHM, mathématiques appliquées) et proposera un dialogue interdisciplinaire avec les utilisateurs potentiels (bioinformaticiens, chercheurs en génomique, biologistes).

Date limite d'inscription en présentiel : 06/09/2024

Date limite d'inscription en ligne : 20/09/2024

Inscription à ce lien : Inscription.

Comité d'organisation : Camille Marchet, CRIStAL CNRS, Univ. Lille ; Guillaume Gautreau, MaIAGE INRAE ; Thomas Derrien, IGDR CNRS, Univ Rennes

Sponsors : GDR BIMMM, INRAE

Adresse : 
Batiment M3
Faculté des sciences et technologie cite scientifique
59650 VILLENEUVE D'ASCQ.

Amphi Turing pour les présentations et salle Delattre pour les repas.

Programme : 

HoursSlotSpeakerTitleAbstract
09:30
10:00
Welcome breakfast
 
 
10:0010:15IntroductionCamille Marchet  
10:15
10:45
Invited speaker
Alexandra Calteau
Development of methods and tools in pangenomics for analysis and services in microbial genomics
 
10:45
12:05
Session 1: visualisation
Chairman : Guillaume Gautreau 
Astrid van den Brandt et al.Interactive visualization of large pangenome graphshttps://nextcloud.inrae.fr/s/RqMBkM6BeSeKoEe
Éloi Durant et al.Unraveling pangenome graphs with pivot paths and variation glyphshttps://nextcloud.inrae.fr/s/xoqGMsBCNJGxWcc
Siegfried Dubois et al.Pangenome graph manipulation for local visualisation with pancathttps://nextcloud.inrae.fr/s/6L3ozbXmErZMpg9
Bastien Degardins et al.Vizitig: interactive sequence de Bruijn graphs using databaseshttps://nextcloud.inrae.fr/s/d476LM7BR6koxz9
12:05
13:30
Lunch break
 
 
13:30
14:00
Invited speaker
Zamin Iqbal
Pangenomes for bacteria and mobile elements, new problems and old
 
14:00
15:00
Session 2: methods
Chairwoman : Camille Marchet 
Julien Guidihounme et al.Simplified pangenome graph traversals with PSSM scoring : search for motifs differentialshttps://nextcloud.inrae.fr/s/S5ajwctkTYYkpjD
Francesco Andreace and Yoann DufresneFrom Pangenomic Variation Graphs to De Bruijn Graphs: The Path Forwardhttps://nextcloud.inrae.fr/s/GfdGHAp9T2DG9DY
Matthias ZytnickiAssessing genome conservation on pangenome graphs withPanSelhttps://nextcloud.inrae.fr/s/bqs7Y9CAqY2PDWK
15:00
16:00
Session 3: microbial pangenomics
Chairman : Guillaume Gautreau 
Ryan Teo and Nicole WheelerExploring de Bruijn Graphs as a Framework for Metagenomic Data Representationhttps://nextcloud.inrae.fr/s/CXD259CHi3oJkdL
Tamsin JamesUnitig Graph Analysis for Causal Hotspot Detection in Bacterial Pangenomeshttps://nextcloud.inrae.fr/s/cPCQzbFrXwctYL7
Mattia Sgro et al.Pangenome graphs improve bacterial plasmid binning in short-read assemblieshttps://nextcloud.inrae.fr/s/oqKwG2LNkiQwSzo
16:00
16:30
Coffee break
 
 
16:30
17:30
Session 4: data management & annotations
Chairwoman : Camille Marchet 
Nina Marthe et al.Annotation transfer in pangenome graphshttps://nextcloud.inrae.fr/s/w38YYo4rLZ9bMnp
Jean MonlongCurrent options to index, represent, and visualize annotations in a pangenome with the vg toolkithttps://nextcloud.inrae.fr/s/NmwYE2zMnrr22AB
Sandra Smit et al.PanTools: Pangenomics to utilize the wealth of high-quality genomeshttps://nextcloud.inrae.fr/s/KDXnGzgTCnBfxSW
17:3017:40Closing remarksGuillaume Gautreau  

Tous les résumés en un fichier : https://nextcloud.inrae.fr/s/RsbNcCpiKidCS7Q 

Le programme en pdf : https://nextcloud.inrae.fr/s/5GGA8gzDyxjTHZJ

Vidéos des présentations :