Mini-symposium JOBIM 2025: Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences: novel Pangenome Paradigms
We are pleased to announce the organization of the mini-symposium titled "Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences (MIGGS): Novel Pangenome Paradigms", which will be held on the afternoon of thursday (10/07) during JOBIM 2025 in Bordeaux.
With the recent advent of high-quality, telomere-to-telomere genome sequencing, pangenome approaches are now applicable to a broader range of genomes, including those of eukaryotes. Innovative models, such as pangenome graphs and huge k-mer databases, provide the ability to compare newly sequenced genomes against the full spectrum of known variations within a species or species complex. This approach mitigates analysis biases and has already demonstrated significant advantages, particularly in the study of complex structural variations.
The shift towards the paradigm of "pangenomes as the new reference" comes with novel challenges for our community, where analyses are traditionally reference-oriented rather than pangenome-based. However, tools and methodologies are rapidly diversifying, with related research and engineering efforts expanding across diverse fields, including microbiology, health, agronomy, and environmental sciences.
The objective of this mini-symposium is to bring together both new and experienced researchers engaged in, or simply curious about computational pangenomics, with some emphasis on graph-based models.
Here is a brief overview of the program:
– INVITED SPEAKER: JANA EBLER, Institute for Medical Biometry and Bioinformatics, Heinrich Heine University Düsseldorf, Germany
Title: Pangenome-based genome inference
Abstract: Typical analysis workflows map reads to a reference genome in order to genotype genetic variants. Generating such alignments introduces reference biases and comes with substantial computational burden. In contrast, recent k-mer based genotypers are fast, but struggle in repetitive or duplicated genomic regions. We introduced a new algorithm, PanGenie, that leverages a haplotype-resolved pangenome reference in conjunction with k-mer counts from short-read sequencing data to genotype a wide spectrum of genetic variation – a process we refer to as genome inference. Improvements are especially pronounced for structural variants (SVs) and variants in repetitive regions. We studied SVs across large cohorts sequenced with short-reads, using pangenome graphs generated by the HGSVC and HPRC consortia, which enables the inclusion of these classes of variants in genome-wide association studies.
– FLASH TALKS:
Highlights of 8 JOBIM posters related to pangenomic approaches.
– ROUND TABLE:
- Do we need a pangenome graph?
- What is a good pangenome?
A debate moderated by a panel of developers and users. Everyone is welcome, from experienced developers to researchers wondering if these approaches may be beneficial to their research.
Participation is open to all Jobim participants. Registration for the mini-symposium is made when registering for JOBIM (https://jobim2025.labri.fr/), which opens on May 15.
We hope to meet you there!
For the mini-symposium committee: Sèverine Bérard, Guillaume Gautreau, Claire Lemaitre, Benjamin Linard, Camille Marchet, Jean Monlong, François Sabot
Former events:
1er Symposium MIGGS, 23/09/2024, Lille
Appel à Communications (terminé)
Symposium : Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences (MIGGS) - Lille - 23 septembre 2024
Dans un contexte marqué par une augmentation exponentielle des données génomiques mais aussi par des avancées majeures matière d'assemblage de génomes, le symposium MIGGS se propose d'explorer les avancées récentes et les défis méthodologiques associés à la pangénomique, à la visualisation de graphes et à l'utilisation biologique des graphes de pangénomes. Cette rencontre interdisciplinaire vise à rassembler chercheurs, développeurs et utilisateurs autour de la pangénomique pour favoriser les échanges sur les innovations dans le domaine, les approches de visualisation de ces données et les applications biologiques des graphes de pangénomes.
Nous invitons les contributrices et contributeurs à soumettre des résumés portant sur les sujets suivants (mais non limités à) :
- Méthodologies et outils de visualisation des graphes de pangénomes
- Approches d'annotation et d'interaction avec les données pangénomiques
- Applications biologiques et médicales des graphes de pangénomes
- Solutions algorithmiques et logicielles en pangénomique
- Avancées récentes en pangénomique procaryote et eucaryote
Les soumissions sont attendues sous forme de résumés (300 mots maximum) pour des communications orales et des posters. Nous encourageons la soumission de travaux en cours par des étudiants.
Les stagiaires et doctorant.e.s sont encouragé.e.s à participer à cet appel à communication.
Date limite de soumission : 19/07/2024
Les propositions (1 page maximum, forme libre) doivent être envoyées via EasyChair, incluant le titre de la présentation, les noms des auteurs, leurs affiliations et un résumé à ce lien : https://easychair.org/conferences/?conf=miggs1.
Appel à Participation (terminé)
Le symposium Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences (MIGGS) accueille les participants de divers horizons intéressés par les dernières avancées en pangénomique et les défis associés à la gestion, à l'analyse et à la visualisation des données génomiques massives. Cet événement représente une opportunité d'interaction entre chercheurs, développeurs et utilisateurs, avec un programme incluant des exposés invités et des présentations sélectionnées sur abstract. L’atelier conviera des experts en méthodologies (structures de données, graphes, visualisation/IHM, mathématiques appliquées) et proposera un dialogue interdisciplinaire avec les utilisateurs potentiels (bioinformaticiens, chercheurs en génomique, biologistes).
Date limite d'inscription en présentiel : 06/09/2024
Date limite d'inscription en ligne : 20/09/2024
Inscription à ce lien : Inscription.
Comité d'organisation : Camille Marchet, CRIStAL CNRS, Univ. Lille ; Guillaume Gautreau, MaIAGE INRAE ; Thomas Derrien, IGDR CNRS, Univ Rennes
Sponsors : GDR BIMMM, INRAE
Adresse :
Batiment M3
Faculté des sciences et technologie cite scientifique
59650 VILLENEUVE D'ASCQ.
Amphi Turing pour les présentations et salle Delattre pour les repas.
Programme :
Tous les résumés en un fichier : https://nextcloud.inrae.fr/s/RsbNcCpiKidCS7Q
Le programme en pdf : https://nextcloud.inrae.fr/s/5GGA8gzDyxjTHZJ
Vidéos des présentations :