L'atelier MIGGS, financé par le GDR BIMMM, s'intéresse aux moyens d'extraire et d'associer des informations à partir de graphes de séquences, et plus particulièrement de pangénomes. Cet atelier vise à rassembler des experts, des concepteurs et des utilisateurs de méthodes basées sur ce type de données pour discuter des défis et saisir les opportunités présentées par les dernières innovations dans le domaine. Au-delà de cet objectif, l'atelier est conçu pour fédérer les participants autour de cette thématique afin de faire émerger des cadres d'analyse communs et des thématiques de recherche innovantes.
L'explosion des données génomiques grâce aux avancées du séquençage offre des possibilités sans précédent pour l'analyse et l'interprétation de vastes ensembles de données génétiques. Cependant, ces possibilités présentent également des défis significatifs, notamment en ce qui concerne le stockage, l'intégration, et la manipulation de ces données complexes. Nos travaux se concentreront sur des thèmes tels que la visualisation, l'annotation, et l'interaction avec les graphes de pangénomes, permettant aux chercheurs d'explorer ces données à différentes échelles et de formuler de nouvelles hypothèses scientifiques.
En France, des initiatives comme le plan France Médecine Génomique, la plateforme ABRomics et le PEPR AgroEcoNum sont amenés à utiliser les pangénomes pour aborder des questions biologiques variées, de l'exploration des déterminants génétiques à la résistance aux antibiotiques, en passant par des applications en agronomie. Cet atelier sera une occasion de discuter des progrès logiciels dans le paysage pangénomique français afin d'analyser les données collectées par ces project. Au delà, nous accueillerons des contributions internationales, y compris des travaux récents, par exemple sur la visualisation de graphe ou l'analyse multi-échelle des pangénomes. Les discussions porteront sur des sujets tels que les formats de données, l'interopérabilité, les interfaces graphiques utilisateur, et les solutions algorithmiques pour créer une base logicielle durable et efficace.
Participez à cet atelier pour des échanges interdisciplinaire avec des bioinformaticiens de plateformes, des chercheurs en génomique, des méthodologistes, et d'autres experts, notamment en visualisation pour façonner l'avenir de la pangénomique.